Das grundlegende Spielprinzip wurde im Gegensatz zum Vorgänger komplett umgekrempelt und folgt nun einem nicht-linearen Spielablauf. Ihr könnt euch auf dem Campus frei bewegen, überall kreuzen klappernde Ritterrüstungen, zerdepperte Vasen oder hektische Schüler euren Weg, die sich anscheinend noch allzu gut an Potters letzte Heldentaten erinnern und vereinzelt mit euch die Konversation suchen. Allerdings habt ihr nur wenig Zeit, dem Tratschen oder Flirten zu frönen, vielmehr wird Tacheles geredet: Ein breites Spektrum an Missionen, die vielfältiger kaum sein könnten, gilt es zu absolvieren. So liegt es zunächst an euch, ganze 28 Schüler von eurer Idee zu überzeugen, sich der Dumbledore Armee anzuschließen.
Einige schließen sich ohne Widerworte an, andere sind hingegen eher abgeneigt und stehen der Idee stattdessen argwöhnisch gegenüber. Um diese umzustimmen, müsst ihr für sie bestimmte Aufgaben erfüllen. Ebenfalls werden altgediente Konflikte aufgegriffen, die sich seit dem ersten Band bis anno 2007 hinweg ziehen. So steht etwa die Beziehung zwischen Harry Potter und Draco Malfoy noch immer nicht unter einem guten Stern und zieht zahlreiche Zauberduelle nach sich.
Auch abseits der Haupthandlung gibt es in Hogwarts viel zu entdecken. Überall trefft ihr auch andere Zauberschüler, die zu einer Runde Knallpoker oder Zaubererschach einladen. Solche Minigames stellen eine gelungene Abwechslung zum Missionskauderwelsch dar, zumal viele Spiele ihren echten Vorbildern eng nachempfunden sind und jedem bekannt sein dürften.
