Viele Spiele dieses Genres sind oft sehr linear. D.h. der Spieler folgt einem vorgegeben Weg und kann sich nicht frei bewegen. Das ist bei 'Shadow – The Hedgehog nicht der Fall. Die Levels sind so konzipiert, dass man sie auf die verschiedenste Weise abschließen kann. Dabei variiert nicht nur das Missionsziel, sondern auch, wie man durch das Level geht. An manchen Stellen kann man z.B. entscheiden, ob man rechts, nach oben oder nach unten geht. Des Weiteren kann man fast immer rückwärts durch das Level gehen, um beispielsweise versteckte Schlüssel zu suchen. Denn in jedem Level gibt es solche Schlüssel. Hat man eine gewisse Anzahl Schlüssel gesammelt, so kann man eine geheime Tür öffnen hinter der sich eine großzügige Belohnung verbirgt.
Man wird in den Levels oft von Sonic höchstpersönlich und verschiedenen Leuten aus seiner Crew unterstützt. Diese führen exakt dieselben Bewegungen wie Shadow aus. Wenn man z.B. unabsichtlich einen Abhang runterstürzt springen sie hinter. Loyal bis in den Tod! Ferner murren sie allerdings auch, wenn man Gegner beseitigt, die ihrer Meinung nach auf der guten Seite der Macht stehen. Ob ihr diese Meinung teilt, bleibt euch überlassen.
