Eine Handlung im herkömmlichen Sinne gibt es nicht, das Spiel lässt euch vielmehr den Freiraum, den man sich in manch anderen Spielen wünscht: Ihr startet euer Abenteuer in der futuristischen Metropole Pacific City, in der die Hölle los ist und die Polizei unlängst machtlos der Vielzahl an skrupellosen Verbrechern gegenübersteht. Die Stadt wird von drei großen Verbrechenskartellen auf insgesamt drei Inseln heimgesucht. Um dieser Gewaltwelle Herr zu werden, nutzt die Agency die Arbeiten des geächteten Wissenschaftlers Dr. Baltasar Tschernenko. Durch sein Programm werden Agenten geschaffen, denen beispiellose Entwicklungs- und Regenerationsmöglichkeiten zur Verfügung stehen.

Voll und ganz auf euch alleine gestellt und ohne fremde Hilfe, macht sich der wortkarge Held auf, den insgesamt 21 bösen Gangsterbossen das Handwerk zu legen. Ihr startet im Agenten-Hauptquartier, wo euch zunächst grundlegende Bedienelemente dargelegt werden, damit es im späteren Spielverlauf zu keinen Komplikationen kommt. Das ist aber auch weniger der Fall, denn das Spielprinzip orientiert sich streng an dem von Saints Row und Grand Theft Auto, nur mit dem Unterschied, dass ihr in Crackdown nicht als kleinkarierter Gangster euer Unwesen treibt, sondern als Cop durch die Straßen der Stadt schlendert. Aber auch im Real Time Worlds Titel steuert ihr euer Alter Ego in bester Third Person Manier durch die offene Spielwelt, auf der ihr mittels der so genannten Nachschubpunkte, deren Standpunkte auf der Karte symbolisiert werden, den Ort beliebig oft wechseln dürft.

Bevor es losgeht, wählt ihr zunächst einen der drei Schwierigkeitsgrade. „Hart“, was sich zunächst schwer anhört, ist die leichteste Spielstufe und lässt sich meist gut bewältigen. Bei „Skrupellos“ sollte euch bewusst sein, dass der direkte Weg mit Dauerfeuer zum Gegner nicht immer der cleverste ist. Im Modus „Irre“ schließlich gewinnt ihr nur, wenn ihr euer Handwerk perfekt beherrscht und den geschickten Einsatz der Granaten zu schätzen wisst. Anschließend sucht ihr euch ein Spielermodell aus, das man nicht zwingend das komplette Spiel über behalten muss, sondern nach Lust und Laune auch ändern darf. Einen Charaktereditor gibt es jedoch nicht.