Befindet man sich schlussendlich im Einsatzgebiet, steht es dem Spieler frei, wie er ans Ziel kommen möchte. Jede brenzlige Situation bietet mehrere Lösungswege, welche zum fröhlichen Ausprobieren einladen.
Hier ein Beispiel einer solchen Situation, welche sich dem Spieler gleich zu Beginn stellt: Man steuert Sam vorsichtig durch einen verwinkelten Höhlenabschnitt unter einer spanischen Ruine. Nach wenigen Schritten hört man plötzlich Stimmen feindlicher Soldaten, welche sich einem über eine kleine Hängebrücke, die über einen Fluss führt, nähern. Nun steht es dem Spieler frei wie er mit dieser Situation umgeht: Entweder man zückt die Waffe und schießt die feindlichen Soldaten über den Haufen (was sich in der Abschlusswertung der Mission negativ auswirkt) oder man schleicht sich Agenten-like über die Klippen an den Soldaten vorbei.
Auch die Missionsziele dürfen frei vom Spieler gelöst werden. Neben den Primärzielen, welche zum Beenden der Mission erforderlich sind, fügten die Entwickler Sekundärziele hinzu, die „freiwillig“ erfüllt werden können. Nach dem Abschluss einer Mission folgt eine Statistik inklusive einer Bewertung als Prozentzahl. Die volle Punktzahl erhält man nur nach Abschluss aller Ziele und durch Vermeidung von Feindkontakt. Diese spielerischen Freiheiten tragen stark zum Wiederspielwert des Titels bei.
Um die Experimentierfreudigkeit der Spieler zu unterstützen, warfen die Entwickler die Savepoints der Vorgänger komplett über Bord und stellen dem Spieler stattdessen eine Schnellspeicherfunktion (wie schon aus den PC-Versionen bekannt) zur Verfügung. Somit wurde der recht deftige Schwierigkeitsgrad der Vorgänger stark entschärft und auch Gelegenheitsspieler werden mit Chaos Theory nicht überfordert.
