Das Novum und die Hauptinnovation bei Bionic Commando ist der bionische Arm, mit dem man verschiedenste Sachen machen kann. Zunächst ist er für die Fortbewegung geeignet. Dabei könnt ihr euch an Laternen, Autobahnschildern, Wänden, Bäumen etc. festhalten und durch die Gegend schwingen. An vielen Stellen ist man darauf angewiesen, den Arm beim Fortkommen zu benutzen, da schlichtweg ein Boden fehlt, dieser verseucht ist oder das Ziel irgendwo weit über euch liegt. Und genau da liegt auch schon der Hund begraben. Weil ungewohnt, ist das Hantieren mit dem bionischen Arm verdammt schwierig und wird viele Spieler das ein oder andere Mal zum verzweifeln bringen. Allerdings gibt es ja bekanntlich keine bessere Art etwas zu lernen, als wenn man Spaß daran hat. Und das ist hier ganz klar der Fall. Es macht unheimlich Fun sich beispielsweise Schluchten hoch zu schwingen, sich an dem obersten Punkt auszuklinken, hunderte Meter nach unten zu stürzen und sich schließlich ganz unten an einer Laterne wieder festzukrallen. Dabei gibt es ein besonders lustiges Gimmick. Nachdem Nathan nämlich eine gewisse Zeit durch die Luft springt ohne sich irgendwo einzuhacken, fängt er lauthals an zu jodeln.
Darüber hinaus kann man den bionischen Arm auch in anderen Fällen, die allesamt dazu dienen, den gegnerischen Einheiten das Leben schwer zu machen. In Ascension City gibt es beispielsweise Schwebebahnen, die man aus der Verankerung reißen und dann auf die K.I. Gegner stürzen lassen kann oder aber ihr befördert herumstehende Autos mit einem schweren Schlag in die Luft, springt dann hoch und kickt das nichtsahnende Vehikel mit einem weiteren mächtigen Schlag in die Gegenpartei.
Neben der Möglichkeit den faschistischen Truppen Gegenstände vor die Füße zu werfen, könnt ihr natürlich auch selbst Hand anlegen und sie mit eurem bionischem Arm packen, durch die Luft oder auf Ihresgleichen werfen. Wenn das alles nicht hilft, könnt ihr immer noch auf ein weitreichendes Arsenal an Waffen zurückgreifen. Ein weiteres Gimmick wurde beim Töten der Antagonisten eingebaut: Statt einer lauthalsen Monsterstimme, die mit „Double Kill“ ein besonders schnelles Töten von Gegner prämiert, ist es in Bionic Commando euer Alter Ego selbst, der spottend über den Tod mehrere Gegner lacht oder seine Killorgie mit einem „I send you the bill later“ abschließt.
