Aus spielerischer Hinsicht hat sich in FIFA 2006 ebenfalls einiges getan und verändert, wobei 'EA Canada' einen weiteren Schritt in Richtung "Simulation" gesetzt hat. So wurde die Ballphysik erneut verbessert, was spektakuläre Szenen im Strafraum ermöglicht. Auffallend ist, dass sich FIFA wie nie zuvor am erfolgreichen Genrepartner 'Pro Evolution Soccer 4' orientiert. Kleinigkeiten wie die neu hinzugekommene Vorteilsregelung spielen in diesem Punkt nur eine untergeordnete Rolle. Vielmehr ähneln sich Zweikampfverhalten und Spielmechanik nun deutlich stärker mit Konamis Referenztitel. Weiterhin nähert sich das neue FIFA ebenfalls in Sachen Schuss- und Passsystem dem großen Rivalen immer mehr an. Die umstrittene Off the Ball Control wurde einerseits komplett gestrichen, während euch über verschiedene Tastenkombinationen Kurz-, Lob- und Doppelpässe ermöglicht werden, Abspiele in den freien Raum nun deutlich seltener ankommen, da die durchwachsene Gegner-Intelligenz häufig noch ein Bein zwischen den Laufweg stellen, und ein überarbeitetes Flankensystem gefährlichere Kopfballsituationen zur Folge hat.
Überdies könnt ihr über das digitale Steuerkreuz taktische Befehle in Echtzeit an euer Team weiterleiten, woraufhin ihr eure Mannschaft unkompliziert auf Konterfußball, Pressing oder die Abseitsfalle ausrichten könnt. Die Handhabung diverser Standardsituationen, wie Freistößen oder Eckbällen, weißt im Vergleich zu FIFA 2005 ebenfalls offensichtliche Unterschiede auf. Nach einem Foulspiel gilt es den ruhenden Ball ohne Hilfsmittel, wie einem Fadenkreuz, über mustergültige Schussdosierung um die Mauern ins Tor zu zirkeln. Dieses System wirkt anfangs zwar etwas gewöhnungsbedürftig, hat man aber einige Versuche im Trainingsmodus absolviert, geht euch diese Methode in Fleisch und Blut über. Unterdessen steht euch bei Ecken ein Pfeil zur Verfügung, der die Richtung angibt, in die ihr das Leder befördern möchtet, so dass ihr euch nicht mehr wie im Vorgänger auf Positionen zu beschränken habt, in die der Ball fliegen muss.
