Henry Walker ist ein junger Marineoffizier, der durch die Ereignisse auf Pearl Harbour in die Wirren des Pazifikkrieges hineingezogen wird. Von Pearl Harbor aus wird er auf unterschiedliche Missionen durch den gesamten Pazifik geschickt. Zunächst reicht sein Kommando nur über ein kleines Kampfboot, aber im Laufe der elf Hauptmissionen lastet die Verantwortung über ganze Flotten und Kampfflugzeuggeschwader auf seinen Schultern. Die Besonderheit bei Battlestations Midway ist, dass der Spieler seine Angriffe planen und dann selber in Echtzeit in das Geschehen eingreifen kann. Ohne taktische Überlegungen und dem Abstimmen der Einheiten geht man im wahrsten Sinne des Wortes unter. Das hört sich aber alles komplizierter an, als es tatsächlich ist.