Jedes Rollenspiel setzt natürlich auf gute Dialoge zwischen dem Helden und den verschiedenen NPCs des Spiels. Bei Alpha Protocol entwarf das Entwicklerteam ein ähnliches System wie beim Genrekollegen Mass Effect. Mit nur einem Tastendruck kann zwischen freundlichen, sarkastischen, aggressiven und direkten Antworten gewählt werden, die jeweils immer eine andere Reaktion hervorrufen. In dem rund 20 Stunden langen Spiel wurde zudem das übliche Schema von „Gut“ und „Böse“ entfernt. Dies erlaubt dem Spieler selbst zu wählen welche Taten er ausüben möchte, um seinen Platz in der Geschichte des Spiels zu finden.
Diese Entscheidungsfreiheit kann jedoch nicht nur anhand der Dialoge erkannt werden, sondern findet sich im gesamten Spielverlauf wieder. Dies wurde uns mit folgendem Beispiel verdeutlicht: So hatten wir die Wahl eine Zielperson zu verhaften, sie zu töten und dem CIA bescheid zu geben oder sie nur zu befragen. Jeder dieser Entscheidungen ruft ein anderes Ergebnis hervor, ähnlich wie im RPG-Meisterwerk Mass Effect.
