Ein weiterer Bruch mit Bekanntem ist im grundlegenden Spielkonzept vorhanden. So steht euch eine frei begehbare Welt auf dem kolonialisierten Mars zur Verfügung. Meistens aus kleinen Siedlungen bestehend werdet ihr aber keine Gebäude finden, welche mehr als drei Stockwerke besitzen. Für das Weiterkommen sucht ihr NPCs oder bestimmte Questpoints auf und beginnt eure Missionen.
Die Story spielt 50 Jahre nach den Geschehnissen des ersten Teils und stellt den Marsianer Alex Mason in den Mittelpunkt der Handlung, dessen Brüder von der Earth Defence Force (EDF), welche in Red Faction noch zu der Fraktion der „Guten“ gehörte, getötet wurden. Um die Unterdrücker vom Mars zu vertreiben, schließt er sich einer Gruppe von Guerrillakämpfern an, die den Mars endgültig befreien wollen.
