Die Rebellen entpuppen sich jedoch als kleinstes Problem der Menschheit, als sie von der so genannten „Allianz“ (im englischen Covenant) einer Alien-Zivilisation angegriffen wird, die aufgrund ihrer überlegenen Technologie in der Lage ist, ganze Planeten auszulöschen. Die Allianz machte erst dann Halt, wenn das letzte menschliche Lebenszeichen auf einem Planeten ausgelöscht war.
Lediglich die Spartans waren in der Lage, der Allianz zumindest kurzfristig Paroli zu bieten und ihre Ausbreitung zu verlangsamen. Im Bodenkampf verloren sie nicht einen Kampf. An dieser Stelle setzt die Geschichte der Spiele ein.
Im Jahre 2552 erreicht die Allianz den Planeten Reach, der nach der Erde der größte und wichtigste militärische Stützpunkt des UNSC ist. Über Wochen gelingt es dem UNSC den Angriffen der Allianz standzuhalten, schlussendlich sollte aber auch Reach fallen. Das gleichnamige Videospiel rückt die Geschichte des Noble-Teams in den Vordergrund. Die sechsköpfige Spezialeinheit setzt sich aus einem Spartan 2 und fünf Sparten 3 zusammen, wobei letztere einem aktuelleren Spartan-Programm unterlagen.
Die Stärke des Noble-Teams reicht nicht aus, um Reach vor der Allianz zu retten. Durch mehrere kleine Siege am Boden schafft es die Gruppe jedoch, die Evakuierung der Zivilisten auf Reach zu sichern. In einem letzten Auftrag gelingt es dem Noble-Team unter schwerem Verlust, an die künstliche Intelligenz „Cortana“ zu gelangen und sie zum UNSC-Schiff der „Pillar of Autmn“ zu bringen, auf der sich auch der Master Chief befindet.
Der „Pillar of Autmn“ gelingt es, Reach zu verlassen, die Flucht erfolgt jedoch keineswegs geordnet. Cortana befördert das Schiff durch einen Hyperraumsprung zur einer unbekannten Koordinate im Universum, die sie einem unbekannten Alien-Artefakt auf einem anderen Planeten entnommen hatte. Womit wir bei Halo: Combat Evolved angelangt wären, dem Teil der Reihe, mit dem im Jahr 2001 auf der ersten Xbox alles begann.
