Im Grunde könnt ihr euch durch die Stadt und alle bereits freigeschalteten Bereiche frei bewegen, echte Handlungsfreiheit wird euch aber nur in den seltensten Fällen eingeräumt. Größtenteils müsst ihr innerhalb der Areale bestimmte Aufgaben meistern, Gegenstände finden oder euch mit anderen Charakteren unterhalten. Anstatt sinnloses Gekloppe mit fragwürdigem Spaßfaktor zu zelebrieren, stützt sich Penny Arcade auf ein anderes Genre. Eine gänzlich unpassende Grundidee für das Kampfsystem lässt sich im ersten Moment nicht leugnen. Penny Arcade Adventures baut nämlich auf einer Rollenspiel-Mechanik auf, die glatt auf einem klassischen Japano-RPG alá Final Fantasy entstammen könnte. In der Praxis drescht ihr also abwechselnd auf eure Widersacher ein, während diese selbiges versuchen, wobei der Spieler jederzeit die Kontrolle über seine gesamte Party hat. Jeder Haudegen verfügt über einen Basis-Angriff sowie über drei Spezial-Moves, die er im Laufe der Zeit freischaltet.
Rundenbasiert geht das Ganze aber nicht vonstatten, vielmehr gesellt sich das Active-Time-Battle-System hinzu. Hierbei füllt sich innerhalb einer gewissen Zeit ein Balken. Sobald dieser vollständig aufgepäppelt ist, kann eine Aktion ausgeführt werden und der Balken füllt sich erneut. Ihr steht also ständig unter Zeitdruck. Wartet ihr zu lange, kann es passieren, dass eure Gegner zuerst angreifen. Außerdem habt ihr die Möglichkeit, die besagten Spezial-Angriffe aufs Parkett zu legen. Zu diesem Zweck muss auf einen Button besonders flink eingehämmert oder im richtigen Zeitpunkt eine bestimmte Taste gedrückt werden.
