Der kleine Waise Naruto hat nur ein Ziel in seinem Leben: Er möchte Hokage werden. Durch diesen Traum angetrieben, trainiert er sehr hart, scheitert jedoch immer an der so genannten Ge-Nin-Prüfung, welche ihn offiziell in den Stand eines Ninjas erheben würde. Ab diesem Zeitpunkt greift der Spieler aktiv in die Geschehnisse ein und hilft ihm so, seinem Ziel einen Schritt näher zu kommen. Nach dem körperlichen Training müssen auch Jutsus erlernt und gemeistert werden. Sie geben einem Ninja in ihrer Vielfalt nicht nur mehr Kraft, sondern auch spezielle Fähigkeiten. Das Vorzeigejutsu von Naruto ist hierbei das Jutsu der Schattendoppelgänger. Damit werden, wie der Name schon sagt, Doppelgänger heraufbeschworen, die aktiv ins Kampfgeschehen eingreifen können.
Hat man nun schon einige kleine Missionen in Angriff genommen und geschafft, wird man schnell merken, dass die Lebens- und die Chakraanzeige stetig ansteigen. Chakra wird zur Erzeugung von Jutsus benötigt. Je größere diese innere Kraft ist, umso mächtigere Jutsus können erlernt werden. Selbst auf dem Wasser Laufen ist mit der richtigen Konzentration für den geübten Ninja kein Problem. Natürlich müssen die verschiedenen Fähigkeiten via Tastenkombination aktiviert werden, was aber nicht übermäßig kompliziert ist.
