Trotz aller Achtsamkeit werden wir während der Präsentation entdeckt und in ein Feuergefecht verwickelt, in dessen Verlauf wir auch auf einen der zahlreichen Boss-Gegner treffen. Nun, in diesem Fall entspricht unser „Boss“ nicht ganz den Sehgewohnheiten alter Spionage-Veteranen. Es handelt sich um die taubstumme Sis, die mit ihren gefärbten Haaren, den Piercings und Chucks eher an ein Emo-Mädchen aus dem Stadtpark erinnert. Nichtsdestotrotz weiß die junge Dame mit dem Gewehr umzugehen und uns gehörig einzuheizen. Es nützt jedoch nichts, am Ende sind wir siegreich und sie ist unseren Entscheidungen ausgeliefert.
Die nun folgende Cutscene präsentiert erstmals das Dialogsystem, das ein wenig an Mass Effect erinnert, mit dem feinen Unterschied, dass eure Antworten lediglich eine grobe Richtung vorgeben. Ob aggressiv, professionell oder scherzend, um nur ein paar Beispiele zu nennen, ihr habt für eure Entscheidung nur ein knapp bemessenes Zeitfenster zur Verfügung. Abhängig von eurer Entscheidung verändert sich der Verlauf der Geschichte mitunter dramatisch. Wir entschieden uns die Emo-Göre laufen zu lassen und trafen dadurch auf ihren Mentor, den Albatros, der sich uns gegenüber sichtlich dankbar präsentierte. Unsere Entscheidung positionierte ihn also eher in einer Bösewicht-Grauzone, Freund und Feind sind nicht immer auf Anhieb zu erkennen. Mindestens dreimal müsst ihr Alpha Protocol durchspielen, so heißt es seitens der Entwickler, um wirklich alle möglichen Wendungen der Story einmal erlebt zu haben. Da ein Durchgang in etwa 30 Stunden in Anspruch nehmen wird, gibt es somit reichlich zu tun.
