Zu guter letzt kann das Spiel noch im namensgebenden Flags-Modus gespielt werden. In diesem rückt das Spiel von seinem ursprünglichen Spielsinn ab. Man legt mit dem grünen Button immer noch bestimmte Felder frei. Enthalten diese keine Minen, enthüllen sie auch wieder die Anzahl der Minen, die sich in den benachbarten acht Feldern befinden. Befindet sich unter dem aufgedeckten Feld allerdings eine Mine, hat man das Spiel nicht verloren, sondern markiert dieses automatisch mit einer Flagge.
Somit lädt der Modus eher zum spekulieren als zum analysieren ein. Wenn es beispielsweise mehrere Felder gibt, unter denen eine Mine sein könnte, kann man auf eines dieser Felder auf gut Glück spekulieren und es aufdecken. Ist keine Mine drunter, hat man eine weitere Zahl aufgedeckt. Ist eine Mine drunter, thront eine weitere Flagge auf dem Feld. Diesen Modus spielt man dann gegen bis zu 3 andere KI oder echte Gegner. Wer die meisten Flaggen verteilt hat, hat dann schließlich gewonnen.
Im Einzelspielermodus ist Flags allerdings total unfair. Es macht überhaupt kein Spaß, da die KI nicht auf die Minenfelder spekuliert, sondern anscheinend weiß, wo sich die Minenfelder befinden ohne vorher jeglichen Anhaltspunkt dafür bekommen zu haben. Im Multiplayermodus gestaltet sich die Sache dann allerdings schon wieder anders. Hier kann es zwischenzeitlich schon mal sehr spannend zu gehen. Es erinnert an eine Mischung aus Schach und Poker, mit der Ausnahme, dass man immer nur 10 Sekunden Zeit hat für einen Zug. Im Test, gab es allerdings oft Probleme mit den Servern, sodass das Spielen gar unmöglich war, da sich keine Spieler fanden.
