Die Zeiten des Heldendaseins sind für den guten Sam vorerst vorbei. Wo er in früheren Missionen etlichen Verbrechern das Handwerk legte, und mehr als einmal das Leben zahlloser Unschuldiger rettete, tritt er nun als verdeckter Ermittler und drakonischer Terrorist auf, dem eine Vielzahl von zu treffenden Entscheidungen bevorstehen. Weiterhin gilt es für Sam mit Lügen, Verrat, Mord und Sabotage zu Recht zu kommen. Als Mittel stehen ihm dabei sein nahezu unerschöpfliches Repertoire an Agentenfähigkeiten und seine hochtechnologisierte Ausrüstung zur Verfügung. So haftet an ihm die Aufgabe die Ziele der NSA wahrzunehmen, von der er bereits in vergangenen Abenteuern mit Befehlen versorgt wurde, während er gleichzeitig nicht bei der terroristischen Organisation aufliegen darf, in die er sich schleusen konnte. Egal wie er vorgeht und welche Entscheidungen er trifft, das wichtigste Ziel ist für Sam stets eine erfolgreiche Mission und nicht aufzufliegen.

Folglich liegt also mal wieder nicht weniger als das Schicksal Millionen von Menschen auf den Schultern, wobei er in seinen Missionen sämtliche Krisenherde unseres Planeten, wie Asien, Afrika und natürlich auch die Vereinigten Staaten von Amerika besucht. Die spannende Story von Tom Clancy’s Splinter Cell: Double Agent entwickelt sich ganz nach den zahlreichen Entscheidungen die ihr während der Missionen zu treffen habt, so dass ihr euch auf mehrere alternative Enden freuen dürft. Die größten Schwierigkeiten beim entscheiden zwischen mehreren Alternativen treten dann auf, wenn gegensätzliche Ziele zwischen NSA und JBA(Terrororganisation, der ihr zugehörig seid) gleichzeitig erfüllt werden sollen. Hier gilt es Fingerspitzengefühl zu beweisen.