Vor zwanzig Jahren wurde sich das Master Control Programm (MCP) seiner eigenen Intelligenz bewusst und entwickelte sich zu einer Bedrohung für die real existierende Welt. Das Computergenie Kevin Flynn wurde daraufhin digitalisiert und betrat als erster Mensch die Welt der Bits und Bytes. In dieser phantastischen Welt tritt er gegen das MCP an und versucht den größenwahnsinnig gewordenen Computer zu bezwingen. Dies gelingt ihm - wenn auch nur knapp - mit Hilfe des Programms TRON, welches ihm schließlich den Weg in die reale Welt zurück bahnt.
Erst zwanzig Jahre später gelang es Alan Bradley den Programmcode zum Digitalisieren von Menschen wieder herzustellen. Seitdem schlummert er in Ma3a, bis sich diese gezwungen sieht den Code einzusetzen, da eingeschleuste Viren ihre Existenz gefährden und sie alleine der Lage nicht mehr Herr wird. So digitalisiert sie in ihrer Not den Sohn von Alan, Jet, um ihr zu helfen. An dieser Stelle kommen wir ins Spiel, die ab sofort die Geschicke Jets in der digitalen Welt zu leiten haben.

Hier offenbart sich uns eine neue Welt, in welcher Computerprogramme als menschenähnliche Wesen ihrer Arbeit nachgehen, Servercluster als gigantische Neonstädte dargestellt werden und von PC-Nutzern als gottgleiche „user“ gesprochen wird. Dass Spiel versteht es dabei vortrefflich, den unnachahmlichen Stil des Kinofilms zu imitieren. Die Grafikpracht des Rechnerinneren wird aus minimalistischer Blockoptik erzeugt, welche jedoch durch allerlei Licht- und Blur-Spielerein immer noch beeindruckend wirkt (diese Optik ist jedoch auch eine ziemliche Geschmacksache).