Der Prinz ist in Schwierigkeiten. Zwar konnte er in seinem letzten Abenteuer dem tödlichen „Sand der Zeit“ entkommen, doch wer die Zeit beeinflusst, muss mit Konsequenzen rechnen. Diese Konsequenzen lassen sich in einem Wort beschreiben: „Dahaka“. Der Dahaka ist ein mächtiger Wächter der Zeit und bringt jeden zur Strecke, der sich dieser bemächtigt. Folglich ist unser Held auf der Flucht und hat nur eine Möglichkeit seinem Schicksal zu entgehen.

Dazu begibt er sich auf die „Insel der Zeit“, wo er auf deren Herrscherin treffen muss, um diese an der Erschaffung des Sandes zu hindern. Denn ohne Sand existiert auch kein Dahaka. Natürlich warten wieder unzählige Feinde und Rätsel, die darauf warten von euch besiegt und gelöst zu werden. Allerdings wirkt das gesamte Spiel wesentlich düsterer als sein Vorgänger und von einer zauberhaften Märchenwelt ist nichts mehr übrig geblieben. Im Gegenteil - vor allem der Thronfolger selber hat sich zu einer dunklen Gestalt entwickelt, die im Vergleich zu "Prince of Persia: The Sands of Time“ nicht wieder zu erkennen ist.